(1) פפטידים אנטי-מיקרוביאליים של חרקים: חרקים מהווים את הקבוצה הגדולה ביותר של אורגניזמים, ומספר הפפטידים האנטי-מיקרוביאליים שהם מייצרים הוא עצום. עד כה, למעלה מ-200 סוגים של פפטידים אנטי-מיקרוביאליים של חרקים זוהו בשמונה סדרים, כולל Lepidoptera, Diptera, Coleoptera ואודונטה; יש לציין כי 40 גנים פפטידים אנטי-מיקרוביאליים בודדו מתולעת המשי (*Bombyx mori*) בלבד.
(2) פפטידים אנטי-מיקרוביאליים של יונקים: הפפטיד האנטי-מיקרוביאלי של יונקים Cecropin P1 בודד לראשונה מהמעי הדק של חזיר בשנת 1989. נכון לעכשיו, לפחות 18 סוגים בודדו מחזירים, 30 מכבשים ו-30 מבקר.
(3) פפטידים אנטי-מיקרוביאליים של דו-חיים: לדו-חיים יש עור עירום המשרת מספר פונקציות. הפרשות העור שלהם מכילות מגוון עצום של פפטידים ביו-אקטיביים בעלי פעילויות ביולוגיות מגוונות; רוב אלה מפגינים תכונות אנטי-מיקרוביאליות. המייצגים צורה עתיקה ויעילה של הגנה טבעית, הם מסווגים בדרך כלל כפפטידים אנטי-מיקרוביאליים.
(4) פפטידים אנטי-מיקרוביאליים מדגים, רכיכות וסרטנים: פרדקסין, פפטיד 35-} חומצות אמינו- שאריות- שבודד מהסוליה של משה (*Pardachirus marmoratus*) בשנת 1986, היה הראשון ב-1986, המרכיב האנטי-מיקרוביאלי האנטי-מיקרוביאלי של דגים, מאפיין אנטי-מיקרוביאלי א-פפטי. -מבנה סליל המסוגל לחדור ממברנה. הוא מתפקד כרעלן עצבי יוני, ופותחו סדרה של פפטידים נגזרות המציגים פעילות אנטי-מיקרוביאלית חזקה יותר-ופעילות המוליטית נמוכה יותר מאשר המליטין.
(5) פפטידים אנטי-מיקרוביאליים צמחיים: צמחים מייצרים גם פפטידים אנטי-מיקרוביאליים הדומים מבחינה מבנית לדפנסינים המצויים בחרקים ויונקים; אלה ידועים בתור הגנה צמחית. רוב הפפטידים האנטי-מיקרוביאליים הצמחיים פעילים מאוד נגד פתוגנים צמחיים, אם כי חלקם מפגינים רעילות גם כלפי חיידקים גראם-חיוביים וגראם-שליליים, פטריות, שמרים ותאי יונקים. תיונינים היו הפפטידים האנטי-מיקרוביאליים הראשונים שבודדו מצמחים.
(6) פפטידים חיידקיים אנטי-מיקרוביאליים: ידועים גם בשם בקטריוצינים, אלה כוללים פפטידים קטיוניים וניטרליים כאחד, ומופרשים על ידי חיידקים גראם-חיוביים וגם גראם-שליליים. ארבעה סוגים של פפטידים אנטי-מיקרוביאליים זוהו בחיידקים: Bacitracin, Gramicidin S, Polymyxin E וניסין.
